苏州市轨道交通集团有限公司运营分公司的主要任务是保证交通的安全运营，为乘客提供快速、整洁、高效的城市旅游新体验。在保证社会效益的同时，逐步提高运营收入和降低运营成本。运营分公司的主要工作是承担地铁运营指挥（调度）、运营安全、乘客服务、运营票务收益、运营设施维护、整改、运营设备操作、维护、保养以及运营规划、管理和日常工作，并参与轨道交通新线的建设、参加设备设施的安装、调试和验收。 苏州市轨道交通集团有限公司运营分公司下设7个职能部门和4大生产中心，即综合部、人教部、企划部、技术调度部、安保部、物资部及工务通号中心、供电机电中心、客运营销中心、车辆中心，其中技术调度部下设总调度所。四个生产中心内按一号线、二号线分别设置相应的生产车间。