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苏州市卫生监督所成立于2000年12月28日，2010年5月增挂“苏州市食品安全稽查支队”的牌子。核定行政编制87名，公益性岗位编制7名，现有工作人员83人。目前，所内设有办公室、科教人事科、财务科、信息科和9个业务科室，分别是稽查科、许可科、监督一科（食品卫生）、监督二科（学校卫生）、监督三科（传染病及消杀卫生）、监督四科（公共场所卫生）、监督五科（医政）、监督六科（综合业务）和监督七科（职业卫生）。
苏州市卫生监督所成立十年来，始终紧紧抓住人民群众最关心、反映最强烈的突出卫生问题，加大公共卫生和医疗服务市场的监督力度，以保护全市人民的健康为己任，为苏州经济发展保驾护航。
苏州市卫生监督所建所十年来共获得市级以上荣誉称号25个，其中在2002年度和2006年度连续两次获得全国卫生监督系统先进集体荣誉称号、2008年获得可全国卫生系统先进集体荣誉称号。
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