吴江区总工会是中共吴江市委和上级工会领导下的县(市)级地方工会,是全市各级工会组织的领导机关。于2008年12月选举产生的吴江市总工会第十二届委员会,现有委员39名,常委11名,市总工会十二届经审委员5名。目前,市总工会设主席1名,副主席3名,市总机关内设三部一室一中心(即办公室(宣教部)、组织部(含劳模协会)、维护保障部(含生产保护部、民管部、法工部)、财务事业部(含经审委办公室)、困难职工帮扶中心(含生活女工部、技协办)等机构。市总机关行政编制11名,附属编制3名;市总工会下属事业单位3个,包括市工人文化宫、市总工会职工学校、市职工技协办公室等共编制20个。
至2010年12月,市总工会下辖8个镇工会委员会、2个开发区工会委员会,30个系统、联合、直属工会。全市各类基层工会8600余家,工会会员24万余人,基层独立工会委员会1400多家。